编制水资源资产负债表对于指导当前生态文明建设具有重要意义。文中从水资源管理角度出发,研究多层次权益主体的水资源资产负债表编制与应用,将水权益主体划分为:流域上下游权益主体、研究区域经济系统与生态系统权益主体、区域内部以行政主体为单元的子权益主体。基于上述权益主体给出水资源资产负债表表式结构,并以M市为例进行实证分析,结果表明:M市在期初2012年对生态系统不存在负债,而期末2016年负债为6.66亿m3,其中自然因素贡献率为73.81％,人为因素为26.19％。该研究丰富了水资源资产负债表的理论体系,为案例区水资源管理提供依据。