科学专业话语如何进行公共讨论一直是困扰社会的难题。本文以方舟子与崔永元转基因论争的微博话语为例,探讨科学公共话语空间中围绕“理”展开的论争过程。研究发现:科学专业话语与公共话语体系,对话语主体的准入限制要求不同,说理的依据、逻辑与方式等亦存在差异;转基因论争背后存在科学理性与社会理性的竞争与冲突,这诸多因素使得科学传播陷入困境。从经验层面反思科学论争中的“理”的冲突与对话,将启发我们重新理解科学公共空间中的多元理性共识。